La posición taxonómica de cada bacteria se define mediante un conjunto de características fenotípicas (morfológicas, serológicas, metabólicas) y genotípicas (material genético) identificadas a través de métodos y técnicas que el hombre ha conseguido desarrollar a través del tiempo. Es así como la taxonomía de bacterias además de ser polifacética (basada en muchas características del individuo) es dinámica y se modifica a medida que nuevos estudios permiten conocer con mayor precisión el grado de parentesco o similitud.
El código actual de taxonomía de bacterias utiliza el sistema binomial. Sin embargo, para la mayoría de las bacterias fitopatógenas se utiliza un sistema trinomial. El primer nombre pertenece al género y la primera letra se escribe con mayúscula (Ej, Pantoea). El segundo, pertenece a la especie y se escribe con minúscula (Ej. ananas). Cuando se han identificado bacterias de la misma especie infectando hospedantes diferentes, la variabilidad patogénica se anuncia agregando el término patovar (abreviación = pv.): Ej. pv. ananas. La especie tipo de un grupo de bacterias se reconoce por el término subespecie (abreviación = subsp.), ejemplo. Erwinia carotovora subsp. carotovora. Cuando se conoce solamente el género, la nomenclatura utilizada es Xanthomonas sp. (sp = especie) Agrios, (2005); Young et al, (2001).
